Ayant reçu une éducation protestante dès sa jeunesse, François de Bonne fut formellement reconnu en 1569 par Gaspard de Coligny comme le chef des Huguenots. En 1590, il prit Grenoble, alors aux mains de la Ligue catholique, ou Sainte Ligue.
Il mena également une série de campagnes contre Charles Emmanuel I (1562–1630), duc de Savoie (1580–1630), fils et successeur d'Emmanuel Philibert.
Il fut nommé Maréchal de France par Henri IV en 1609. Après son abjuration du Protestantisme, survenue en 1622, il devint Connétable de France sous le règne de Louis XIII. À sa mort, en 1626, le Cardinal de Richelieu supprima cette charge.